MirGeneDB ID | Dre-Mir-17-P1a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-17a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P2a1 Dre-Mir-17-P2a2 Dre-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P4a1 Dre-Mir-17-P4a2 Dre-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a2 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a2 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr9: 53436955-53437013 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a2) |
Mir-92-P1a2
chr9: 53436299-53436355 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a2 chr9: 53436841-53436905 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a2 chr9: 53436955-53437013 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACCUGUCCCACGUCAUGUCACUGUAGUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUUCAAUAUAAUCUACUGCAGUGGAGGCACUUCAAGCUUUACCGUGACGCAAAAACUCGAGCGCAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GACCUGUCCCACGUCAU-- U U CA-| A G G UUCAA GUCAC GUAG GU AAGUGCUU CA UGCAG UAG \ CAGUG CAUU CG UUCACGGA GU ACGUC AUC U CAACGCGAGCUCAAAAACG C U AAC^ G G - UAAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dre-Mir-17-P1a2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-17a |
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Star sequence | Dre-Mir-17-P1a2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0031938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUGCAGUGGAGGCACUUCAAGC -59
Get sequence
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