MirGeneDB ID | Gmo-Mir-17-P1a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-17-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Gmo-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Gmo-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a2 Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a2 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a2 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_918: 372883-372941 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a2) |
Mir-17-P1a2
GeneScaffold_918: 372883-372941 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a2 GeneScaffold_918: 373010-373074 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a2 GeneScaffold_918: 373145-373201 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a2 GeneScaffold_918: 373326-373385 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a2 GeneScaffold_918: 373455-373516 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a2 GeneScaffold_918: 373563-373620 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCUCCUGAACCGUUGAGUCACGGCAGUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUCUUACAAUAUCUACUGCAGUGAAGGCACUUUCAGCACUGUCGUGACACUGGUGAAGUUCCAAUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCCUGAACCGUUGA-- C-| A G G UCUUA GUCACGGCAGUGU AAAGUGCUU CA UGCAG UAG \ CAGUGCUGUCACG UUUCACGGA GU ACGUC AUC C CAUAACCUUGAAGUGGUCA AC^ A G - UAUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-17-P1a2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-17-P1a2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUGCAGUGAAGGCACUUUCAGC -59
Get sequence
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