MirGeneDB ID | Gmo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Gmo-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Gmo-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P4a1 Gmo-Mir-17-P4a2 Gmo-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cja-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Eca-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Laf-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmr-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Pab-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3767: 173469-173529 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-92-P2d
GeneScaffold_3767: 173042-173101 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2d GeneScaffold_3767: 173195-173260 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4d GeneScaffold_3767: 173469-173529 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d GeneScaffold_3767: 173694-173755 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUCAGCGUGUCGAUUCGCUCCCCGGUGUCAAAAGUGCUGUUUGUGCAGGUAGAAGAGUCACCCUUCCUACUGCAAAACCAGCACUUAAGGCCCACGGGUUAGCCAUGUUCUACGUCUGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUCAGCGUGUCGAUUCGCUC- GU-| AA U G G AAGAGU CCCG GUC AAGUGCUG UU UGCAG UAG C GGGC CGG UUCACGAC AA ACGUC AUC A AAGUCUGCAUCUUGUACCGAUU ACC^ AA C A - CUUCCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gmo-Mir-17-P4d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0044243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAAGUGCUGUUUGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Star sequence | Gmo-Mir-17-P4d_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0044244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACUGCAAAACCAGCACUUAAGG -61
Get sequence
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