| MirGeneDB ID | Eca-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | eca-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Eca-Mir-17-P1a Eca-Mir-17-P1c Eca-Mir-17-P1d Eca-Mir-17-P2a Eca-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P4a Eca-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cja-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Laf-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmr-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Pab-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009160.1: 8115130-8115191 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-92-P2d
CM009160.1: 8114925-8114984 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d CM009160.1: 8115130-8115191 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d CM009160.1: 8115356-8115417 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCACAUCUUGGACCUUAGUCCUGGGGGCUCCAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAGUGUGAUUACCUGACCUACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGAGCCCCAGGGACACAGCCUCUCUGCCAAUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCACAUCUUGGACCUUA-- G CA- -| U G UGUGAU GUCCU GGGGCUC AAGUGCU GUUCG GCAG UAG U CAGGG CCCCGAG UUCACGA CGAGU CGUC AUC A GCUAACCGUCUCUCCGACA A CCC U^ - - CAGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Eca-Mir-17-P4d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0013060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Eca-Mir-17-P4d_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGA -62
Get sequence
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