MirGeneDB ID | Eca-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-106a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-17-P1a Eca-Mir-17-P1d Eca-Mir-17-P2a Eca-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P4a Eca-Mir-17-P4c Eca-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmr-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Neu-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pab-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009179.1: 110759193-110759251 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-92-P2c
CM009179.1: 110758369-110758433 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c CM009179.1: 110758530-110758590 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c CM009179.1: 110758667-110758732 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c CM009179.1: 110758796-110758856 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c CM009179.1: 110759029-110759091 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c CM009179.1: 110759193-110759251 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUCGCUGCAGGAAUAGGCCUUGGCCAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGCUUUCUGAGAUCUACUGCAAUGCAAGCACUUCUUACAUUACCAUGGUGAUUUAAUCCACGGCUCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUCGCUGCAGGAAUAG-- U CC CA-| A G G CUUUC GCC UGG AUGU AAGUGCUU CA UGCAG UAG \ UGG ACC UACA UUCACGAA GU ACGUC AUC U UCCUCGGCACCUAAUUUAG U AU UUC^ C A - UAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-17-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-17-P1c_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUGCAAUGCAAGCACUUCUUAC -59
Get sequence
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