MirGeneDB ID | Mml-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-106a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1d Mml-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chrX: 128132563-128132621 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-92-P2c
chrX: 128131737-128131801 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chrX: 128131899-128131959 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chrX: 128132038-128132103 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chrX: 128132167-128132227 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chrX: 128132397-128132461 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chrX: 128132563-128132621 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUGCUACAGGAAUAGGCCUUGGCCAUGUAAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGCUUUUUGAGAUCUACUGCAAUGCAAGCACUUCUUACAUUACCAUGGUGAUUUAAUCAAUGGCUACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUUGCUACAGGAAUAG-- U CC -| A G G CUUUU GCC UGG AUGUAA AAGUGCUU CA UGCAG UAG \ UGG ACC UACAUU UUCACGAA GU ACGUC AUC U UCAUCGGUAACUAAUUUAG U AU C^ C A - UAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mml-Mir-17-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0002798 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-106a-5p |
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Star sequence | Mml-Mir-17-P1c_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0026604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUGCAAUGCAAGCACUUCUUAC -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-106a-3p |