| MirGeneDB ID | Xla-Mir-17-P1c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGCACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xla-Mir-17-P1c4 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030738.1: 47238821-47238877 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c3) |
Mir-92-P2c3
NC_030738.1: 47238172-47238237 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c3 NC_030738.1: 47238303-47238364 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c3 NC_030738.1: 47238435-47238491 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c3 NC_030738.1: 47238544-47238604 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c3 NC_030738.1: 47238694-47238758 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c3 NC_030738.1: 47238821-47238877 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAAUGUGCUGUGACCUGUCUGGGUUGUGCAAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGAACUUAGACCUACUGCACAGUAAGCACUUCCUGCAUCAUCAAGGCACAUGCAUCUCCCUCUGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAAUGUGCUGUGACCU-- G U A-| A G AACU GUCU GGU GUGCA AAGUGCUUAU GUGCAG UAG \ CGGA CUA UACGU UUCACGAAUG CACGUC AUC U UCGUCUCCCUCUACGUACA A C CC^ A - CAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-17-P1c3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-17-P1c3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- ACUGCACAGUAAGCACUUCCUGC -57
Get sequence
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