| MirGeneDB ID | Dno-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-106a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cja-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Eca-Mir-17-P1c Ete-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Laf-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmr-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Neu-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pab-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH573198: 1052307-1052364 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1c) |
Mir-17-P1c
JH573198: 1052307-1052364 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2c JH573198: 1052463-1052527 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4c JH573198: 1052698-1052758 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2c JH573198: 1052822-1052884 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c JH573198: 1052961-1053022 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c JH573198: 1053115-1053179 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUGCUACAGGAAUAGGCCUUGGCCGUGUAAAAGUGCUUGCAGUGCAGGUAGUUUUUGAGAUCUACUGCAAUGCAAGCACUUCUUACAUUACCAUGGUGAUUUAAUCAAUGGCUACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUGCUACAGGAAUAG-- U CC -| G G UUUU GCC UGG GUGUAA AAGUGCUUGCA UGCAG UAG U UGG ACC UACAUU UUCACGAACGU ACGUC AUC G UCAUCGGUAACUAAUUUAG U AU C^ A - UAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dno-Mir-17-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUUGCAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Dno-Mir-17-P1c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- ACUGCAAUGCAAGCACUUCUUAC -58
Get sequence
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