| MirGeneDB ID | Dno-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-18a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2a Bta-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2a Cja-Mir-17-P2a Cli-Mir-17-P2a Cmi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2a Dre-Mir-17-P2a1 Dre-Mir-17-P2a2 Eca-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2a Gga-Mir-17-P2a Gja-Mir-17-P2a Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Hsa-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P2a Lch-Mir-17-P2a Loc-Mir-17-P2a Mal-Mir-17-P2a2a Mal-Mir-17-P2a2b Mdo-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2a Mmr-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2a Mun-Mir-17-P2a Neu-Mir-17-P2a Oan-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2a Pab-Mir-17-P2a Pbv-Mir-17-P2a Rno-Mir-17-P2a Sha-Mir-17-P2a Spt-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2a Tgu-Mir-17-P2a Tni-Mir-17-P2a1 Tni-Mir-17-P2a2 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xtr-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH570327: 92464-92528 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2a) |
Mir-17-P1a
JH570327: 92325-92384 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a JH570327: 92464-92528 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a JH570327: 92615-92672 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a JH570327: 92793-92851 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a JH570327: 92928-92988 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a JH570327: 93045-93103 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGUCUGCUGGUGUUGAGUGCUUUUUGUUCUAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAGUGAAGUAGAUUAGCAUCUACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGCAUAAGAAGUUAUGUAUUCAUCCAGUAAUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGUCUGCUGGUGUUGAGU-- U --| U UC U A UGAAGUA GCUUUUUGU CUA AGG GCA UAG GCAG UAG G UGAAGAAUA GGU UCC CGU AUC CGUC AUC A CAUAAUGACCUACUUAUGUAU C CU^ U GA C - UACGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-17-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-17-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047512 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
|
