| MirGeneDB ID | Aca-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-17-P1a Aca-Mir-17-P1c Aca-Mir-17-P2c Aca-Mir-17-P4a Aca-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P2a Bta-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2a Cja-Mir-17-P2a Cli-Mir-17-P2a Cmi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2a Dre-Mir-17-P2a1 Dre-Mir-17-P2a2 Eca-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2a Gga-Mir-17-P2a Gja-Mir-17-P2a Gmo-Mir-17-P2a1 Gmo-Mir-17-P2a2 Hsa-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P2a Lch-Mir-17-P2a Loc-Mir-17-P2a Mal-Mir-17-P2a2a Mal-Mir-17-P2a2b Mdo-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2a Mmr-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2a Mun-Mir-17-P2a Neu-Mir-17-P2a Oan-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2a Pab-Mir-17-P2a Pbv-Mir-17-P2a Rno-Mir-17-P2a Sha-Mir-17-P2a Spt-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2a Tgu-Mir-17-P2a Tni-Mir-17-P2a1 Tni-Mir-17-P2a2 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xtr-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343584.1: 108405-108469 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2a) |
Mir-17-P1a
GL343584.1: 108268-108328 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P1a GL343584.1: 108539-108596 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a GL343584.1: 108699-108757 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a GL343584.1: 108837-108897 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a GL343584.1: 108950-109010 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCUCCUGCAUAGUGACUGCUUUUUGUUCUAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAGUGAAGUAGAUUAGCAUCUACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGCAUAAGAAGUUGUGUUUUCACCCAAUCGCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUCUCCUGCAUAGUGA-- U U --| U UC U A UGAAGUA C GCUUUUUGU CUA AGG GCA UAG GCAG UAG G G UGAAGAAUA GGU UCC CGU AUC CGUC AUC A UUCGCUAACCCACUUUUGU U C CU^ U GA C - UACGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-17-P2a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-17-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
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