| MirGeneDB ID | Xla-Mir-17-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2a Bta-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2a Cja-Mir-17-P2a Cli-Mir-17-P2a Cmi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2a Eca-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2a Gga-Mir-17-P2a Gja-Mir-17-P2a Hsa-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P2a Lch-Mir-17-P2a Loc-Mir-17-P2a Mdo-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2a Mmr-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2a Mun-Mir-17-P2a Neu-Mir-17-P2a Oan-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2a Pab-Mir-17-P2a Pbv-Mir-17-P2a Rno-Mir-17-P2a Sha-Mir-17-P2a Spt-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2a Tgu-Mir-17-P2a Xtr-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030727.1: 104999254-104999318 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2a4) |
Mir-92-P1a4
NC_030727.1: 104998709-104998768 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a4 NC_030727.1: 104998831-104998891 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a4 NC_030727.1: 104999254-104999318 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a4 NC_030727.1: 104999384-104999445 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGUGUGUCUGUAUAUUGUGCCUUUUGUCCUAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAGUGAAGUAGAUUAGCAUCUACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGCAUAAAAGGUGCCUAAUCACUGAAGGUUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGUGUGUCUGUAUAUU-- UG - U-| U UC U A UGAAGUA G CCUUUUGU CC AAGG GCA UAG GCAG UAG G C GGAAAAUA GG UUCC CGU AUC CGUC AUC A UUUUUGGAAGUCACUAAUC GU C UC^ U GA C - UACGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-17-P2a4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-17-P2a4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
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