| MirGeneDB ID | Xla-Mir-17-P4a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-20a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xla-Mir-17-P4a4 Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cja-Mir-17-P4a Cli-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Eca-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Hsa-Mir-17-P4a Laf-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mdo-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4a Mmr-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Neu-Mir-17-P4a Ocu-Mir-17-P4a Pab-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030726.1: 122721387-122721447 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a3) |
Mir-92-P1a3
NC_030726.1: 122721137-122721196 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4a3 NC_030726.1: 122721387-122721447 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a3 NC_030726.1: 122721555-122721612 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a3 NC_030726.1: 122721820-122721881 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACAAGCACCAAUUUGGCUAAAGUUGUGCUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUUUUUUGUGUAUUCUACUGCAUUAAGAGCACUUAAAGUACUUCUAGCUGCAUAUCUACGCAACCCAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUACAAGCACCAAUUUG----| AAGUU A- A G UUUUUU GCUA GUGCU AAGUGCUU UAGUGCAG UAG \ CGAU CAUGA UUCACGAG AUUACGUC AUC G CUACCCAACGCAUCUAUACGU^ CUU-- AA A - UUAUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-17-P4a3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-17-P4a3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGCAUUAAGAGCACUUAAAGU -61
Get sequence
|
