| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P4a Ocu-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cja-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Eca-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Laf-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmr-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Pab-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0062: 102971-103032 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-17-P1d
chrUn0062: 102749-102810 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chrUn0062: 102971-103032 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d chrUn0062: 103178-103237 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCACAUCUCGGACCUUAGUCCCGGGGGCUCCAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAGUGUGAUUACCUGACCUACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGAGCCCCUGGGACACAGCCUCUCUGCCAACCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCACAUCUCGGACCUUA-- CA- -| U G UGUGAU GUCCCGGGGGCUC AAGUGCU GUUCG GCAG UAG U CAGGGUCCCCGAG UUCACGA CGAGU CGUC AUC A GCCAACCGUCUCUCCGACA CCC U^ - - CAGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-17-P4d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-17-P4d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGA -62
Get sequence
|
