| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P4a Ocu-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cja-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Eca-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Laf-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmr-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Neu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Pab-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 108518632-108518692 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-92-P2c
chrX: 108518210-108518274 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chrX: 108518367-108518428 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chrX: 108518503-108518568 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chrX: 108518632-108518692 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chrX: 108518869-108518933 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chrX: 108519035-108519093 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGAAGGAAAAGCUUGUGUCCUCAUAGUACCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUCUAGCAUCAUUCUACUGUAGUGUGAGCACUUCUAGUACUCUGGGAUAAUGAGUCUCCUGUUGAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGAAGGAAAAGCUUGU---| U U CA- G G UUCUAG GUCC CA AGUAC AAGUGCUCAUA UGCAG UAG \ UAGG GU UCAUG UUCACGAGUGU AUGUC AUC C GGUAGUUGUCCUCUGAGUAA^ - C AUC G - UUACUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-17-P4c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-17-P4c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGUAGUGUGAGCACUUCUAGU -61
Get sequence
|
