MirGeneDB ID | Cfa-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cja-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Eca-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Laf-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmr-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Neu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pab-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 104896094-104896154 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-92-P2c
chrX: 104895658-104895722 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chrX: 104895826-104895886 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chrX: 104895961-104896026 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chrX: 104896094-104896154 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chrX: 104896344-104896408 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chrX: 104896517-104896575 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGGAAGAGAAGAUGGGGUCUGAGGGGUACCAAAGUGCUCACAGUGCAGGUAGUCUGGGCUUUUCUCUACUGUAGUGUGGGCACUUCCGGUAACCCUCGGACAGCGAGUCUUAGCACGCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGGAAGAGAAGAUGGG-- G A-| G G UCUGGG GUCUGAGGG UACC AAGUGCUCACA UGCAG UAG \ CAGGCUCCC AUGG UUCACGGGUGU AUGUC AUC C GCCGCACGAUUCUGAGCGA A CC^ G - UCUUUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-17-P4c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUCACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-20b miRDB: MIMAT0009830 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-17-P4c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- ACUGUAGUGUGGGCACUUCCGGU -61
Get sequence
|