MirGeneDB ID | Cpo-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpi-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2512679-2512739 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-92-P2c
scaffold_128: 2512251-2512315 [-]
UCSC
Mir-92-P1c scaffold_128: 2512411-2512471 [-] UCSC Mir-19-P2c scaffold_128: 2512548-2512615 [-] UCSC Mir-17-P4c scaffold_128: 2512679-2512739 [-] UCSC Mir-17-P2c scaffold_128: 2512897-2512961 [-] UCSC Mir-17-P1c scaffold_128: 2513060-2513118 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAAAGCAUAAGUGUGGUUCCUAGUAGUACCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUUUGGCAUUACUCUACUGUAGUGUGGGCACUUCCAGUACUCUUGGAUAACGAAUCUCUUGUUGAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACAAAGCAUAAGUGUGGU---| U U CA- G G UUUUGG UCC AG AGUAC AAGUGCUCAUA UGCAG UAG \ AGG UC UCAUG UUCACGGGUGU AUGUC AUC C GGUAGUUGUUCUCUAAGCAAU^ U - ACC G - UCAUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cpo-Mir-17-P4c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cpo-Mir-17-P4c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UACUGUAGUGUGGGCACUUCCAGU -61
Get sequence
|