MirGeneDB ID | Cpo-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-106b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P1d Bta-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P1d Cmi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P1d Hsa-Mir-17-P1d Lch-Mir-17-P1d Loc-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P1d Mml-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P1d Rno-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_30: 4035937-4035998 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1d) |
Mir-17-P1d
scaffold_30: 4035937-4035998 [+]
UCSC
Mir-17-P4d scaffold_30: 4036154-4036215 [+] UCSC Mir-92-P2d scaffold_30: 4036356-4036415 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACCUCCCUCUCACUGGCCCUGCCGGGGCUAAAGUGCUGACAGUGCAGAUAGUGGUCCUCUCUGUGCUACCGCACUGUGGGUACUUGCUGCUCCAGCAGGGCAUGCACAGCGCCCAUGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCACCUCCCUCUCACUG-- C UA-| G AGAUAGUGGUCC GCCCUGC GGGGC AAGUGCU ACAGUGC \ CGGGACG CCUCG UUCAUGG UGUCACG U GAGGUACCCGCGACACGUA A UCG^ G CCAUCGUGUCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are Dicer cuts +1 and +2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-17-P1d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAAGUGCUGACAGUGCAGAUA -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpo-Mir-17-P1d_3p |
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mirBase accession | MIMAT0046958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CCGCACUGUGGGUACUUGCUGC -62
Get sequence
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