MirGeneDB ID | Ami-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P1d Cja-Mir-17-P1d Cmi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P1d Eca-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P1d Hsa-Mir-17-P1d Laf-Mir-17-P1d Lch-Mir-17-P1d Loc-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P1d Mml-Mir-17-P1d Mmr-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P1d Pab-Mir-17-P1d Rno-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017707610.1: 16544-16603 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1d) |
Mir-17-P4d
NW_017707610.1: 16349-16408 [-]
UCSC
Mir-17-P1d NW_017707610.1: 16544-16603 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGGCCCAGCCCCUCAUGGCAUCCCAGGGCUAAAGUGCUUGCAGUGCAGGUAGCUGGCGCUGGCGCUACUGCAGUGUGGGGGCUUGCAGCUCUGGGGAGCCCCUGGCAAUGGGGGCCAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCGGCCCAGCCCCUCAU-- AU A-| G UG G G CUGGC GGC CCCAGGGCU AAGU CU CA UGCAG UAG G CCG GGGUCUCGA UUCG GG GU ACGUC AUC C GGACCGGGGGUAACGGUCC AG CG^ G GU G - GCGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ami-Mir-17-P1d_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAAGUGCUUGCAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ami-Mir-17-P1d_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACUGCAGUGUGGGGGCUUGCAGC -60
Get sequence
|