MirGeneDB ID | Ocu-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-106b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P4a Ocu-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P1d Bta-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P1d Cja-Mir-17-P1d Cmi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P1d Eca-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P1d Hsa-Mir-17-P1d Laf-Mir-17-P1d Lch-Mir-17-P1d Loc-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P1d Mml-Mir-17-P1d Mmr-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P1d Pab-Mir-17-P1d Rno-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0062: 102749-102810 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1d) |
Mir-17-P1d
chrUn0062: 102749-102810 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chrUn0062: 102971-103032 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d chrUn0062: 103178-103237 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCCUCCUCCCACACCCGCCCUGCUGGGGCUAAAGUGCUGACAGUGCAGAUAGUGGUCCUGUCCGUGCUACCGCACUGUGGGUACUUGCUGCUCCAGCAGGGCACGCACGUCCACGGAAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGCCUCCUCCCACACCC-- UA-| G AGAUAGUGGUCC GCCCUGCUGGGGC AAGUGCU ACAGUGC \ CGGGACGACCUCG UUCAUGG UGUCACG U AGGAAGGCACCUGCACGCA UCG^ G CCAUCGUGCCUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There are Dicer cuts +1 and +2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ocu-Mir-17-P1d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAAGUGCUGACAGUGCAGAUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Ocu-Mir-17-P1d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0048198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CCGCACUGUGGGUACUUGCUGC -62
Get sequence
|