| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-92-P1a Ocu-Mir-92-P1c Ocu-Mir-92-P1d Ocu-Mir-92-P2a Ocu-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2d Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2d Cja-Mir-92-P2d Cmi-Mir-92-P2d Cpo-Mir-92-P2d Dno-Mir-92-P2d Dre-Mir-92-P2d Eca-Mir-92-P2d Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2d Gmo-Mir-92-P2d Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2d Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2d Lch-Mir-92-P2d Loc-Mir-92-P2d Mal-Mir-92-P2d Mdo-Mir-92-P2d Mml-Mir-92-P2d Mmr-Mir-92-P2d Mmu-Mir-92-P2d Oan-Mir-92-P2d Obi-Mir-92 Pab-Mir-92-P2d Rno-Mir-92-P2d Sha-Mir-92-P2d Sme-Mir-92 Tni-Mir-92-P2d Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 Xtr-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0062: 103178-103237 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2d) |
Mir-17-P1d
chrUn0062: 102749-102810 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chrUn0062: 102971-103032 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d chrUn0062: 103178-103237 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCUGAACACCGGGACUGGCCAGUGUUGAGAGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCUGGGCAUUGCACUUGUCUCGGUCUGACAGUGCCGGCCCUACACUGCGGAUGUGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGAACACCGGGACU--| A UG AG G UU - U GGACGC GGCC G UUG AGGC GAGAC GG GCAAU GCU \ CCGG C GAC UCUG CUCUG UC CGUUA CGG U GGGGUGUAGGCGUCACAUC^ C GU AG G U- A - GUCCCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-92-P2d_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-92-P2d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0048134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA -60
Get sequence
|
