MirGeneDB ID | Cfa-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-92-P1a Cfa-Mir-92-P1c Cfa-Mir-92-P1d Cfa-Mir-92-P2a Cfa-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2d Cel-Mir-92 Cja-Mir-92-P2d Cmi-Mir-92-P2d Cpo-Mir-92-P2d Dno-Mir-92-P2d Dre-Mir-92-P2d Eca-Mir-92-P2d Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2d Gmo-Mir-92-P2d Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2d Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2d Lch-Mir-92-P2d Loc-Mir-92-P2d Mal-Mir-92-P2d Mdo-Mir-92-P2d Mml-Mir-92-P2d Mmr-Mir-92-P2d Mmu-Mir-92-P2d Oan-Mir-92-P2d Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2d Pab-Mir-92-P2d Rno-Mir-92-P2d Sha-Mir-92-P2d Sme-Mir-92 Tni-Mir-92-P2d Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 Xtr-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr6: 9498993-9499051 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2d) |
Mir-17-P1d
chr6: 9498558-9498617 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chr6: 9498780-9498841 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d chr6: 9498993-9499051 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCUGAACCCCGGGACUGGCCAGCGUUGAGAGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCUGGACGCUGCCCGCGCAUUGCACUUGUCUCGGUCUGACAGUGCCGGCCCCGCACUGCAGCUGCUGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGAACCCCGGGACU-- A AG G UU - -| UGGAC GGCC GCGUUG AGGC GAGAC GG GCAAU UGC G CCGG CGUGAC UCUG CUCUG UC CGUUA GCG C GGGUCGUCGACGUCACGCC C AG G U- A C^ CCCGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-92-P2d_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCGGAGACUUGGGCAAUUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-92-P2d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-25 miRDB: MIMAT0006697 |