MirGeneDB ID | Cfa-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cja-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Eca-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Laf-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmr-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Pab-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr6: 9498780-9498841 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-17-P1d
chr6: 9498558-9498617 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chr6: 9498780-9498841 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d chr6: 9498993-9499051 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCACGCCUCGGACCUUAGUCCCGGGGGCUCCAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAGUGUGAUUACCUGACCUACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGAGCCCCAGGGAUGCGACCUCUCUGCCAGUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACGCCUCGGACCUUA-- G CA- -| U G UGUGAU GUCCC GGGGCUC AAGUGCU GUUCG GCAG UAG U UAGGG CCCCGAG UUCACGA CGAGU CGUC AUC A GCUGACCGUCUCUCCAGCG A CCC U^ - - CAGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-17-P4d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006696 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-93 miRDB: MIMAT0006696 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-17-P4d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGA -62
Get sequence
|