| MirGeneDB ID | Dre-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Dre-Mir-17-P2a1 Dre-Mir-17-P2a2 Dre-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P4a1 Dre-Mir-17-P4a2 Dre-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cja-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Eca-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Laf-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmr-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Pab-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr14: 100511-100568 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-17-P4d
chr14: 100511-100568 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2d chr14: 100674-100734 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d chr14: 100779-100838 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACACUCUCUCUCUCGUGGCUGUGUGUGUUAAAAGUGCUGUUUGUGCAGGUAGUGUGUUUCCUCUACUGUAGGAGCAGCACUUCACAACACACACACUGCUGCUAACACCGUCUGAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CACACUCUCUCUCUCGUG -- AA-| G G UGUG GC UGUGUGUGUU AAGUGCUGUUU UGCAG UAG U CG ACACACACAA UUCACGACGAG AUGUC AUC U CUAGUCUGCCACAAUCGU UC CAC^ G - UCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-17-P4d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUGUUUGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-93 |
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| Star sequence | Dre-Mir-17-P4d_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- ACUGUAGGAGCAGCACUUCACAA -58
Get sequence
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