| MirGeneDB ID | Bta-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1d Bta-Mir-17-P2a Bta-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cja-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Eca-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Laf-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmr-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Pab-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037352.1: 36355776-36355837 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-17-P1d
NC_037352.1: 36355574-36355633 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d NC_037352.1: 36355776-36355837 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d NC_037352.1: 36355979-36356038 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCACGCCGUGGACCAUCGUCCUGGGGGCUCCAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAGUGUGAUCACCUGACCUACUGCUGAGCCAGCACUUCCCGAGCCCCGGGGACACUACCCCUGCCAGUUGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCACGCCGUGGACCAUC-- G CA- -| U G UGUGAU GUCCU GGGGCUC AAGUGCU GUUCG GCAG UAG C CAGGG CCCCGAG UUCACGA CGAGU CGUC AUC A CCGUUGACCGUCCCCAUCA G CCC C^ - - CAGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bta-Mir-17-P4d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-93 |
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| Star sequence | Bta-Mir-17-P4d_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGCUGAGCCAGCACUUCCCGA -62
Get sequence
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