| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-92-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-92-P1a Ocu-Mir-92-P1c Ocu-Mir-92-P2a Ocu-Mir-92-P2c Ocu-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-92-P1d Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1d Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1d Cja-Mir-92-P1d Cmi-Mir-92-P1d Cpi-Mir-92-P1d Cpo-Mir-92-P1d Dno-Mir-92-P1d Dre-Mir-92-P1d Eca-Mir-92-P1d Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1d Gja-Mir-92-P1d Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1d Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1d Lch-Mir-92-P1d Loc-Mir-92-P1d Mal-Mir-92-P1d Mdo-Mir-92-P1d Mml-Mir-92-P1d Mmr-Mir-92-P1d Mmu-Mir-92-P1d Mun-Mir-92-P1d Oan-Mir-92-P1d Obi-Mir-92 Pab-Mir-92-P1d Pbv-Mir-92-P1d Rno-Mir-92-P1d Sha-Mir-92-P1d Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1d Sto-Mir-92-P1d Tgu-Mir-92-P1d Xla-Mir-92-P1d1 Xla-Mir-92-P1d2 Xtr-Mir-92-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
1935211406: 269-332 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGCGGGACCCCGGGCCCCGGGCGGGCGGGAGGGACGGGGACGCGGUGCAGUGUUGUUCUUUCCCCCGCCAAUAUUGCACUCGUCCCGGCCUCCGGCCCCCUCGGCCCCCCGGGCCUCCCCCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGCGGGACCCCGGGCC--| C G GA G C GUUCUUU CCGGG GGGC GGAGG CGGG ACG GGUGCAGUGUU \ GGCUC CCCG CCUCC GCCC UGC UCACGUUAUAA C CUCCCCCUCCGGGCCCCCC^ C G G- - - CCGCCCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ocu-Mir-92-P1d_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGACGGGGACGCGGUGCAGUGUU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ocu-Mir-92-P1d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAUUGCACUCGUCCCGGCCUCC -64
Get sequence
|
