| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cja-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Laf-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Loc-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmr-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Neu-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pab-Mir-17-P2c Pbv-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2512897-2512961 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c) |
Mir-92-P2c
scaffold_128: 2512251-2512315 [-]
UCSC
Mir-92-P1c scaffold_128: 2512411-2512471 [-] UCSC Mir-19-P2c scaffold_128: 2512548-2512615 [-] UCSC Mir-17-P4c scaffold_128: 2512679-2512739 [-] UCSC Mir-17-P2c scaffold_128: 2512897-2512961 [-] UCSC Mir-17-P1c scaffold_128: 2513060-2513118 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGGGCUGCCCUGUAAGUGUCUCUUGUGUUAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAGUGAAGCAGCUUAGAAUCUACUGCCCUAAAUGCCCCUUCUGGCACAGGCUGCCUAAUUUACAGCAUUAAAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUGGGCUGCCCUGUAA--- U CU --| U C U U UGAAGCA G GU CUUGUGUUA AGG GCAU UAG GCAGU AG G C CG GGACACGGU UCC CGUA AUC CGUCA UC C AAAAAAUUACGACAUUUAAU - UC CU^ C A C - UAAGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpo-Mir-17-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046861 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpo-Mir-17-P2c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACUGCCCUAAAUGCCCCUUCUGGC -65
Get sequence
|
