| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-19b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-19-P1a Cpo-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cja-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Eca-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Laf-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmr-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Neu-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pab-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_128: 2512548-2512615 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c) |
Mir-92-P2c
scaffold_128: 2512251-2512315 [-]
UCSC
Mir-92-P1c scaffold_128: 2512411-2512471 [-] UCSC Mir-19-P2c scaffold_128: 2512548-2512615 [-] UCSC Mir-17-P4c scaffold_128: 2512679-2512739 [-] UCSC Mir-17-P2c scaffold_128: 2512897-2512961 [-] UCSC Mir-17-P1c scaffold_128: 2513060-2513118 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGUAUUCAAGGACACUGCUACUUACAAUUAGUUUUGCAGGUUUGCAUUUCAGCGUAUAGAUAUAUCUACAUGGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUUGUGAUAAUGUGUGCUUUCUACACCUUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGUAUUCAAGGACACUGCUAC-- - -| UUU GUAUAGAUA UUACAAUUAGUUUUGCA GG UUUGCA CAGC \ AGUGUUAGUCAAAACGU CC AAACGU GUCG U GUUUCCACAUCUUUCGUGUGUAAU A U^ --- GUACAUCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-19-P2c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0046867 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGUUUGCAUUUCAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-19-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -68
Get sequence
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