MirGeneDB ID | Bta-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-19b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-19-P1a Bta-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cja-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Eca-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Laf-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmr-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Neu-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pab-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 17975815-17975876 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c) |
Mir-92-P2c
NC_037357.1: 17975507-17975571 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c NC_037357.1: 17975665-17975725 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c NC_037357.1: 17975815-17975876 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c NC_037357.1: 17975938-17975998 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c NC_037357.1: 17976173-17976237 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c NC_037357.1: 17976339-17976397 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAACAUUCAAAGACACUGCUACUUACAGUUAGUUUUGCUGGUUUGCAUUUCAGCGUGUGGAUAUAUGGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUUGUGAUACUGUGUUUCUUCUGCGGCCCUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAACAUUCAAAGACACUGCUAC-- - -| UUU GUGUGG UUACAGUUAGUUUUGC UGG UUUGCA CAGC \ AGUGUUAGUCAAAACG ACC AAACGU GUCG A AUCCCGGCGUCUUCUUUGUGUCAU U U^ --- GUAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bta-Mir-19-P2c_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUUUGCUGGUUUGCAUUUCAGC -24
Get sequence
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Mature sequence | Bta-Mir-19-P2c_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-19b |