| MirGeneDB ID | Dre-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-19c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-19-P1a1 Dre-Mir-19-P1a2 Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Dre-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr14: 31467045-31467105 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c) |
Mir-92-P2c
chr14: 31466699-31466769 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2c chr14: 31467045-31467105 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chr14: 31467183-31467241 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chr14: 31467386-31467450 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUUAUGGAAAAGCCCUGUUAUCUGGGGUGAGUUUUGCAGGAUUGCAUCCGGCUUUAUUACAACAUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUCGCUGCGCCAGGGACAAACCACUUCUACAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCUUAUGGAAAAGCCCUGUUA --- - -| UC UUUAUU UCUGG GGUGAGUUUUGCA GGA UUGCA CGGC \ GGACC UCGCUCAAAACGU CCU AACGU GUCG A CUAACAUCUUCACCAAACAG- GCG A A^ -- UACAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-19-P2c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAGGAUUGCAUCCGGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-19-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUCG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-19c |
