MirGeneDB ID | Mdo-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-17-P1a Mdo-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P2a Mdo-Mir-17-P4a Mdo-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cja-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Laf-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Loc-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmr-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Neu-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pab-Mir-17-P2c Pbv-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
X: 35202855-35202919 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c) |
Mir-92-P2c
X: 35202093-35202159 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c X: 35202231-35202295 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c X: 35202389-35202447 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c X: 35202543-35202603 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c X: 35202855-35202919 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c X: 35203052-35203108 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGCGUUGAGCUACCAACUGUCCCUUGUGCUAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAGUGAUGUAGUUUAGUAUCUACUGCCCUAAAUGCUCCUUCCGGCACAAGCCGCCUCCUAGACGACCUGGCAGCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGCGUUGAGCUACCAACU-- CC --| U C U U UGAUGUA GU CUUGUGCU AAGG GCAU UAG GCAGU AG G CG GAACACGG UUCC CGUA AUC CGUCA UC U ACGACGGUCCAGCAGAUCCUC CC CC^ U A C - UAUGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mdo-Mir-17-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0028766 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-18b-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mdo-Mir-17-P2c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0028767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UACUGCCCUAAAUGCUCCUUCCGGC -65
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-18b-3p |