| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-92-P1a Mdo-Mir-92-P1c Mdo-Mir-92-P1d Mdo-Mir-92-P2a Mdo-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2c Ami-Mir-92-P2c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2c Cli-Mir-92-P2c Cmi-Mir-92-P2c Cpi-Mir-92-P2c Cpo-Mir-92-P2c Dno-Mir-92-P2c Dre-Mir-92-P2c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2c Gga-Mir-92-P2c Gja-Mir-92-P2c Gmo-Mir-92-P2c Hsa-Mir-92-P2c Isc-Mir-92 Lch-Mir-92-P2c Loc-Mir-92-P2c Mml-Mir-92-P2c Mmu-Mir-92-P2c Mun-Mir-92-P2c Oan-Mir-92-P2c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2c Pbv-Mir-92-P2c Rno-Mir-92-P2c Sha-Mir-92-P2c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2c Sto-Mir-92-P2c Tgu-Mir-92-P2c Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xtr-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 35202093-35202159 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2c) |
Mir-92-P2c
X: 35202093-35202159 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c X: 35202231-35202295 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c X: 35202389-35202447 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c X: 35202543-35202603 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c X: 35202855-35202919 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c X: 35203052-35203108 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGGGCCGUUCUAGCUGUUUUUGCUGUGUCGGGUGGAUCACGAUGCAAAUUUUGAUAAGUUUAAUAGGAGAAAAAAUUGCACGGUAUCCAUCUGUAAACCGCAAGACCUUAUGCAGUGGCAGCUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGGGGCCGUUCUAGCUGU- U GU-| CA A A UGAUAAGUU UUUUGC GU CGGGUGGAU CG UGCAA UUU U AGAACG CA GUCUACCUA GC ACGUU AAA A GUUCGACGGUGACGUAUUCC C AAU^ UG - A AAGAGGAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-92-P2c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0012755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGGAUCACGAUGCAAAUUU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-363 |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-92-P2c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- AAUUGCACGGUAUCCAUCUGUA -67
Get sequence
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