| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1d Tgu-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2c Ami-Mir-92-P2c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2c Cja-Mir-92-P2c Cli-Mir-92-P2c Cmi-Mir-92-P2c Cpi-Mir-92-P2c Cpo-Mir-92-P2c Dno-Mir-92-P2c Dre-Mir-92-P2c Eca-Mir-92-P2c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2c Gga-Mir-92-P2c Gja-Mir-92-P2c Gmo-Mir-92-P2c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2c Lch-Mir-92-P2c Loc-Mir-92-P2c Mdo-Mir-92-P2c Mml-Mir-92-P2c Mmr-Mir-92-P2c Mmu-Mir-92-P2c Mun-Mir-92-P2c Neu-Mir-92-P2c Oan-Mir-92-P2c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2c Pab-Mir-92-P2c Pbv-Mir-92-P2c Rno-Mir-92-P2c Sha-Mir-92-P2c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2c Sto-Mir-92-P2c Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xtr-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
4A: 6774372-6774436 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2c) |
Mir-17-P1c
4A: 6773566-6773623 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4c 4A: 6773912-6773972 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2c 4A: 6774037-6774096 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c 4A: 6774233-6774294 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c 4A: 6774372-6774436 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUUUGGUAAAGCUCUUGUUUUGCUGUUGUCGGGUGGAUCACGAUGCAAUUUUGAUUAGUUUAGUAGGAGAAAAAUUGCACGGUAUCCAUCUGUAAACCGCAAGACCUUCAUCGCUGACAGUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUUUGGUAAAGCUCUU--| U GU CA A GAUUAGUU GUUUUGC GUU CGGGUGGAU CG UGCAAUUUU U CAGAACG CAA GUCUACCUA GC ACGUUAAAA A GUGUGACAGUCGCUACUUC^ C AU UG - AGAGGAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tgu-Mir-92-P2c_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGGAUCACGAUGCAAUUUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tgu-Mir-92-P2c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AAUUGCACGGUAUCCAUCUGUA -65
Get sequence
|
