| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-92-P1a1 Gmo-Mir-92-P1a2 Gmo-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2c Ami-Mir-92-P2c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2c Cja-Mir-92-P2c Cli-Mir-92-P2c Cmi-Mir-92-P2c Cpi-Mir-92-P2c Cpo-Mir-92-P2c Dno-Mir-92-P2c Dre-Mir-92-P2c Eca-Mir-92-P2c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2c Gga-Mir-92-P2c Gja-Mir-92-P2c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2c Lch-Mir-92-P2c Loc-Mir-92-P2c Mdo-Mir-92-P2c Mml-Mir-92-P2c Mmr-Mir-92-P2c Mmu-Mir-92-P2c Mun-Mir-92-P2c Neu-Mir-92-P2c Oan-Mir-92-P2c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2c Pab-Mir-92-P2c Pbv-Mir-92-P2c Rno-Mir-92-P2c Sha-Mir-92-P2c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2c Sto-Mir-92-P2c Tgu-Mir-92-P2c Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xtr-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
scaffold08698: 71694-71762 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2c) |
Mir-92-P2c
scaffold08698: 71694-71762 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4c scaffold08698: 72088-72146 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c scaffold08698: 72457-72520 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGAUAUACGGCUGUUUGUCUGGCUGUUUUCGGGUGGAUGACUUCGCAAUUUUAAUUCCAUUUAAGAUCUGACUGAAAAUUGCACAGUAUCCAUCUGUAAUCCGCCAGAUCUAGCGAACAGCUUGCUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGAUAUACGGCUGUUU--| U UU - A UC AAUUCCAUUU GUCUGGC G UU CGGGUGGAUG CU GCAAUUUU A UAGACCG C AA GUCUACCUAU GA CGUUAAAA A UUUCGUUCGACAAGCGAUC^ - CU U - CA GUCAGUCUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-92-P2c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGGAUGACUUCGCAAUUUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-92-P2c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- AAUUGCACAGUAUCCAUCUGUA -69
Get sequence
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