| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pbv-mir-363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2c Ami-Mir-92-P2c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2c Cli-Mir-92-P2c Cmi-Mir-92-P2c Cpi-Mir-92-P2c Cpo-Mir-92-P2c Dno-Mir-92-P2c Dre-Mir-92-P2c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2c Gga-Mir-92-P2c Gja-Mir-92-P2c Gmo-Mir-92-P2c Hsa-Mir-92-P2c Isc-Mir-92 Lch-Mir-92-P2c Loc-Mir-92-P2c Mdo-Mir-92-P2c Mml-Mir-92-P2c Mmu-Mir-92-P2c Mun-Mir-92-P2c Oan-Mir-92-P2c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2c Rno-Mir-92-P2c Sha-Mir-92-P2c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2c Sto-Mir-92-P2c Tgu-Mir-92-P2c Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xtr-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE958055.1: 115-179 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2c) |
Mir-92-P2c
KE958055.1: 115-179 [-]
Mir-92-P1c KE958055.1: 286-347 [-] Mir-17-P4c KE958055.1: 600-662 [-] Mir-17-P2c KE958055.1: 3575-3639 [-] Mir-17-P1c KE958055.1: 3752-3809 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCUGGCAGGAAGCUGUGUGUUGCUGUUGUCGGGUGGAUCACGGUGCAAUUUUGAUUAGAUUAGCAGGACGGAAAUUGCACGGUAUCCAUCUGUAAACCGCAGGACCUUCCUGGCUCUGGUUAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCUGGCAGGAAGCUGU--| G U GU C G GAUUAGAU GU UUGC GUU CGGGUGGAU AC GUGCAAUUUU U CA GACG CAA GUCUACCUA UG CACGUUAAAG A UGAUUGGUCUCGGUCCUUC^ G C AU - G GCAGGACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pbv-Mir-92-P2c_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGGAUCACGGUGCAAUUUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pbv-Mir-92-P2c_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0039043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AAUUGCACGGUAUCCAUCUGUA -65
Get sequence
|
