| MirGeneDB ID | Sha-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sha-mir-363 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1d Sha-Mir-92-P2a Sha-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2c Ami-Mir-92-P2c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2c Cja-Mir-92-P2c Cli-Mir-92-P2c Cmi-Mir-92-P2c Cpi-Mir-92-P2c Cpo-Mir-92-P2c Dno-Mir-92-P2c Dre-Mir-92-P2c Eca-Mir-92-P2c Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2c Gga-Mir-92-P2c Gja-Mir-92-P2c Gmo-Mir-92-P2c Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2c Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2c Lch-Mir-92-P2c Loc-Mir-92-P2c Mdo-Mir-92-P2c Mml-Mir-92-P2c Mmr-Mir-92-P2c Mmu-Mir-92-P2c Mun-Mir-92-P2c Neu-Mir-92-P2c Oan-Mir-92-P2c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2c Pab-Mir-92-P2c Pbv-Mir-92-P2c Rno-Mir-92-P2c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2c Sto-Mir-92-P2c Tgu-Mir-92-P2c Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xtr-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867596.1: 70445-70509 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2c) |
Mir-92-P2c
GL867596.1: 70445-70509 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c GL867596.1: 70582-70646 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGGGGCCGAGCUGGCUGGUUUGCUGUUGUCGGGUGGAUCACGAUGCAAUUUUGAUAAGUUUAGUAGGAGAAAAAUUGCACGGUAUCCAUCUGUAAACCGCAAGACCUUUUGCAGUGGCAGCUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGGGCCGAGCUGGCU- -| U GU CA A GAUAAGUU GGUU UGC GUU CGGGUGGAU CG UGCAAUUUU U CCAG ACG CAA GUCUACCUA GC ACGUUAAAA A GUUCGACGGUGACGUUUU A^ C AU UG - AGAGGAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-92-P2c_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGGAUCACGAUGCAAUUUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-92-P2c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AAUUGCACGGUAUCCAUCUGUA -65
Get sequence
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