MirGeneDB ID | Pbv-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P2a Pbv-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cja-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Laf-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Loc-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmr-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Neu-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pab-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE958055.1: 3575-3639 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c) |
Mir-92-P2c
KE958055.1: 115-179 [-]
Mir-92-P1c KE958055.1: 286-347 [-] Mir-17-P4c KE958055.1: 600-662 [-] Mir-17-P2c KE958055.1: 3575-3639 [-] Mir-17-P1c KE958055.1: 3752-3809 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCAGCUGGGAGGCCGGAAGUUUCUUGUGCUAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAGUGAACUAGCUUAGACUCUACUGCCCUGAGUGCUCCUUCUGGCACACGGAGCUGAAGAUGGUGAGGCUUUGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCAGCUGGGAGGCCGGA-- U --| U UC U U UGAACUA AGUUUC UGUGCUA AGG GCA UAG GCAGU AG G UCGAGG ACACGGU UCC CGU GUC CGUCA UC C UCGUUUCGGAGUGGUAGAAG C CU^ U GA C - UCAGAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pbv-Mir-17-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0038842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pbv-Mir-17-P2c_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACUGCCCUGAGUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
|