| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-92a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-92-P1c Mdo-Mir-92-P1d Mdo-Mir-92-P2a Mdo-Mir-92-P2c Mdo-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Dre-Mir-92-P1a1 Dre-Mir-92-P1a2 Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Gmo-Mir-92-P1a1 Gmo-Mir-92-P1a2 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mal-Mir-92-P1a1 Mal-Mir-92-P1a2 Mml-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Oan-Mir-92-P1a5 Oan-Mir-92-P1a6 Oan-Mir-92-P1a7 Oan-Mir-92-P1a8 Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Tni-Mir-92-P1a1 Tni-Mir-92-P1a2 Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1a4 Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
7: 108468200-108468258 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a) |
Mir-92-P1a
7: 108468200-108468258 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a 7: 108468317-108468377 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a 7: 108468450-108468508 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a 7: 108468619-108468676 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a 7: 108468761-108468825 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a 7: 108468905-108468965 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUGUGGAAAAGUCAAACCCCUUUCUACACAGGUUGGGAUCAGUUGCAAUGCUGUGUCUGUCUGUAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUUGAGUUUGGUGGGGAUUGUGGCCGAGCGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAUGUGGAAAAGUCAAA- -| UUU AC C U GUGUC CC CC CU ACAGGUUGGGAU AGU GCAAUGCU U GG GG GA UGUCCGGCCCUG UCA CGUUAUGA G UAGCGAGCCGGUGUUAGG U^ UUU GU U - UGUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-92-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUGGGAUCAGUUGCAAUGCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-92a-1-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-92-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-92a-3p |
