MirGeneDB ID | Mmu-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-92a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1d Mmu-Mir-92-P2a Mmu-Mir-92-P2c Mmu-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Dre-Mir-92-P1a1 Dre-Mir-92-P1a2 Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Gmo-Mir-92-P1a1 Gmo-Mir-92-P1a2 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mal-Mir-92-P1a1 Mal-Mir-92-P1a2 Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Oan-Mir-92-P1a5 Oan-Mir-92-P1a6 Oan-Mir-92-P1a7 Oan-Mir-92-P1a8 Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Tni-Mir-92-P1a1 Tni-Mir-92-P1a2 Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1a4 Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr14: 115044437-115044497 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a) |
Mir-17-P1a
chr14: 115043684-115043743 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a chr14: 115043867-115043931 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr14: 115044013-115044070 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr14: 115044183-115044241 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a chr14: 115044320-115044380 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a chr14: 115044437-115044497 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUAAGGGAAAAUCAAACCCCUUUCUACACAGGUUGGGAUUUGUCGCAAUGCUGUGUUUCUCUGUAUGGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUUGAGUUUGGUGGGGAUUGUGACCAGAAGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUAAGGGAAAAUCAAA- -| UUU AC UU C GUGUUU CC CC CU ACAGGUUGGGAU GU GCAAUGCU C GG GG GA UGUCCGGCCCUG CA CGUUAUGG U UAGAAGACCAGUGUUAGG U^ UUU GU UU - UAUGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-92-P1a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017066 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUUGGGAUUUGUCGCAAUGCU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-92a-1-5p miRDB: MIMAT0017066 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-92-P1a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000539 TargetScanVert: mmu-miR-92a-3p miRDB: MIMAT0000539 |