| MirGeneDB ID | Cli-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-92-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cli-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P2a Cli-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cja-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Dre-Mir-92-P1a1 Dre-Mir-92-P1a2 Eca-Mir-92-P1a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gja-Mir-92-P1a Gmo-Mir-92-P1a1 Gmo-Mir-92-P1a2 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1a Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mal-Mir-92-P1a1 Mal-Mir-92-P1a2 Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mmr-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Oan-Mir-92-P1a5 Oan-Mir-92-P1a6 Oan-Mir-92-P1a7 Oan-Mir-92-P1a8 Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pab-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Tni-Mir-92-P1a1 Tni-Mir-92-P1a2 Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1a4 Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold183: 2837255-2837313 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a) |
Mir-92-P1a
scaffold183: 2837255-2837313 [-]
Mir-19-P2a scaffold183: 2837370-2837430 [-] Mir-17-P4a scaffold183: 2837507-2837565 [-] Mir-19-P1a scaffold183: 2837681-2837738 [-] Mir-17-P2a scaffold183: 2837820-2837884 [-] Mir-17-P1a scaffold183: 2837971-2838031 [-] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGUGGAAAAUUUGUACCCCUUUCUACACAGGUUGGGAUCAGUUGCAAUGCUGUGUGUGUCUCUGGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUUGAGGUUGGUGGGGAUAGAGGCUGAAACACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGUGGAAAAUUUGUA- -| UU AC C U GUGUG CC CC UCU ACAGGUUGGGAU AGU GCAAUGCU U GG GG GGA UGUCCGGCCCUG UCA CGUUAUGG G CACAAAGUCGGAGAUAGG U^ UU GU U - UCUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-92-P1a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUGGGAUCAGUUGCAAUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-92-P1a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -59
Get sequence
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