| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4c Ami-Mir-17-P4c Bta-Mir-17-P4c Cfa-Mir-17-P4c Cli-Mir-17-P4c Cmi-Mir-17-P4c Cpo-Mir-17-P4c Dno-Mir-17-P4c Dre-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4c Gga-Mir-17-P4c Gja-Mir-17-P4c Gmo-Mir-17-P4c Hsa-Mir-17-P4c Lch-Mir-17-P4c Loc-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4c Mdo-Mir-17-P4c Mml-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4c Oan-Mir-17-P4c Ocu-Mir-17-P4c Pbv-Mir-17-P4c Rno-Mir-17-P4c Sha-Mir-17-P4c Spt-Mir-17-P4c Sto-Mir-17-P4c Tgu-Mir-17-P4c Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xtr-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584720: 2634668-2634729 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4c) |
Mir-17-P1c
JH584720: 2634299-2634357 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2c JH584720: 2634454-2634518 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4c JH584720: 2634668-2634729 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2c JH584720: 2634792-2634851 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1c JH584720: 2634933-2634994 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2c JH584720: 2635069-2635133 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAUAAAACUGAUUUUUGUCCUAGCAGUAUCAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAGUUUUUGAAUUGGAUCUACUGUAAUGUGGGCACUUAUAGUACUGCCAGAUAAAAUGCAUCUUGGCCAGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAUAAAACUGAUUUUUGUC-- A CA-| G G UUUUUG CU GCAGUAU AAGUGCUCAUA UGCAG UAG A GA CGUCAUG UUCACGGGUGU AUGUC AUC A GUGACCGGUUCUACGUAAAAUA C AUA^ A - UAGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-17-P4c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037649 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-17-P4c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0037650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGUAAUGUGGGCACUUAUAGU -62
Get sequence
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