MirGeneDB ID | Gmo-Mir-19-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gmo-mir-19b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gmo-Mir-19-P1a1 Gmo-Mir-19-P1a2 Gmo-Mir-19-P2a1 Gmo-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cja-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a2 Eca-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Hsa-Mir-19-P2a Laf-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Loc-Mir-19-P2a Mal-Mir-19-P2a2 Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmr-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Ocu-Mir-19-P2a Pab-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a2 Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_918: 373455-373516 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a2) |
Mir-17-P1a2
GeneScaffold_918: 372883-372941 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a2 GeneScaffold_918: 373010-373074 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a2 GeneScaffold_918: 373145-373201 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a2 GeneScaffold_918: 373326-373385 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a2 GeneScaffold_918: 373455-373516 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a2 GeneScaffold_918: 373563-373620 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUGCGCUCUGUGGACAAGGGUCUCUGGUUAGUUUUGCUGGUUUGCUUUCAGCUUUUGAAAACACACGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUCAUGGCACUGAUAAAAGUCUGGUCGAAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUGCGCUCUGUGGACAAG- - C - -| UUU UUUUGA GGU CU UGGUUAGUUUUGC UGG UUUGC CAGC A UCA GG ACUAGUCAAAACG ACC AAACG GUCG A CGAAGCUGGUCUGAAAAUAG C U U U^ U-- CACACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gmo-Mir-19-P2a2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0044324 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUUUGCUGGUUUGCUUUCAGC -23
Get sequence
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Mature sequence | Gmo-Mir-19-P2a2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0044306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -62
Get sequence
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