MirGeneDB ID | Mml-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-138 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-138-P2 Ami-Mir-138-P2 Bta-Mir-138-P2 Cfa-Mir-138-P2 Cli-Mir-138-P2 Cmi-Mir-138-P2 Cpi-Mir-138-P2 Cpo-Mir-138-P2 Dno-Mir-138-P2 Dre-Mir-138-P2 Ete-Mir-138-P2 Gga-Mir-138-P2 Gja-Mir-138-P2 Gmo-Mir-138-P2 Hsa-Mir-138-P2 Lch-Mir-138-P2 Loc-Mir-138-P2 Mal-Mir-138-P2 Mdo-Mir-138-P2 Mmu-Mir-138-P2 Oan-Mir-138-P2 Ocu-Mir-138-P2 Pbv-Mir-138-P2 Pma-Mir-138-o2 Rno-Mir-138-P2 Sha-Mir-138-P2 Spt-Mir-138-P2 Sto-Mir-138-P2 Tgu-Mir-138-P2 Tni-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chr20: 41030006-41030073 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-138-P2) |
Mir-138-P2
chr20: 41030006-41030073 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7181 chr20: 41035061-41035121 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGCCGGCGGAGUUCUGGUAUCGUUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAGCGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCAUCAUACCCAUCCUCUCCAGGCGAGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGCCGGCGGAGUUCUG---| CGU U AG UCA ACGAGCAGCG GUAU UGC GC CUGGUGUUGUGAA GGCCG C CAUA ACG UG GACCACAGCACUU UCGGC A CCGAGCGGACCUCUCCUACC^ CU- U G- UA- CCAUUCUCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mml-Mir-138-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-138-5p |
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Star sequence | Mml-Mir-138-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- GCUAUUUCACGACACCAGGGU -68
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-138-3p |