MirGeneDB ID | Rno-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-129-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-129-P2 Ami-Mir-129-P2 Bta-Mir-129-P2 Cfa-Mir-129-P2 Cja-Mir-129-P2 Cli-Mir-129-P2 Cmi-Mir-129-P2 Cpi-Mir-129-P2 Cpo-Mir-129-P2 Dno-Mir-129-P2 Dre-Mir-129-P2a Dre-Mir-129-P2b Eca-Mir-129-P2 Ete-Mir-129-P2 Gja-Mir-129-P2 Gmo-Mir-129-P2a Gmo-Mir-129-P2b Hsa-Mir-129-P2 Laf-Mir-129-P2 Lch-Mir-129-P2 Loc-Mir-129-P2 Mal-Mir-129-P2a Mal-Mir-129-P2b Mdo-Mir-129-P2 Mml-Mir-129-P2 Mmr-Mir-129-P2 Mmu-Mir-129-P2 Mun-Mir-129-P2 Neu-Mir-129-P2 Oan-Mir-129-P2 Ocu-Mir-129-P2 Pab-Mir-129-P2 Pbv-Mir-129-P2 Pma-Mir-129-o2 Sha-Mir-129-P2 Spt-Mir-129-P2 Sto-Mir-129-P2 Tgu-Mir-129-P2 Tni-Mir-129-P2a Tni-Mir-129-P2b Xla-Mir-129-P2c Xla-Mir-129-P2d Xtr-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr4: 56301731-56301795 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGACCUUUCCACAGCUGUCUCCUUUGGGUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUUCUCUCCACAGUAGUCAGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGUAUCUGCGGGAGGCUUGGUCUACAGGAGAGACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGACCUUUCCACAGCU-- U -| C CU G UGUUCUCUC GUCUCCU UGGGU CUUUUUG GGU GGGCUU C C CGGAGGG GUCUA GAAAAAC CCA CCCGAA G A CCAGAGAGGACAUCUGGUU C U^ C UU G ACUGAUGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-129-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000600 TargetScanVert: rno-miR-129-5p miRDB: MIMAT0000600 |
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Star sequence | Rno-Mir-129-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AAGCCCUUACCCCAAAAAGUAU -65
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-129-1-3p miRDB: MIMAT0017120 |