MirGeneDB ID | Cfa-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-129-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-129-P2 Ami-Mir-129-P2 Bta-Mir-129-P2 Cja-Mir-129-P2 Cli-Mir-129-P2 Cmi-Mir-129-P2 Cpi-Mir-129-P2 Cpo-Mir-129-P2 Dno-Mir-129-P2 Dre-Mir-129-P2a Dre-Mir-129-P2b Eca-Mir-129-P2 Ete-Mir-129-P2 Gja-Mir-129-P2 Gmo-Mir-129-P2a Gmo-Mir-129-P2b Hsa-Mir-129-P2 Laf-Mir-129-P2 Lch-Mir-129-P2 Loc-Mir-129-P2 Mal-Mir-129-P2a Mal-Mir-129-P2b Mdo-Mir-129-P2 Mml-Mir-129-P2 Mmr-Mir-129-P2 Mmu-Mir-129-P2 Mun-Mir-129-P2 Neu-Mir-129-P2 Oan-Mir-129-P2 Ocu-Mir-129-P2 Pab-Mir-129-P2 Pbv-Mir-129-P2 Pma-Mir-129-o2 Rno-Mir-129-P2 Sha-Mir-129-P2 Spt-Mir-129-P2 Sto-Mir-129-P2 Tgu-Mir-129-P2 Tni-Mir-129-P2a Tni-Mir-129-P2b Xla-Mir-129-P2c Xla-Mir-129-P2d Xtr-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr14: 8165109-8165174 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGCCUGAGGGCUGCAGUCUCCUUUGGAUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUUCCUCUCAACAGUAGUCAGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGUAUCUGCGGGAGGCCUUGUCUACAAGGGGGAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGCCUGAGGGCUGCA-- U -| C CU G UGUUCCUCUC GUCUCCU UGGAU CUUUUUG GGU GGGCUU C \ CGGAGGG GUCUA GAAAAAC CCA CCCGAA G A UAAGGGGGAACAUCUGUUC C U^ C UU G ACUGAUGACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-129-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-129 miRDB: MIMAT0006623 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-129-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- AAGCCCUUACCCCAAAAAGUAU -66
Get sequence
|