| MirGeneDB ID | Sto-Mir-1788 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1788 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGCAGC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1788 Ami-Mir-1788 Cli-Mir-1788 Cmi-Mir-1788 Cpi-Mir-1788 Dre-Mir-1788 Ebu-Mir-1788 Gga-Mir-1788 Gja-Mir-1788 Gmo-Mir-1788 Lch-Mir-1788 Loc-Mir-1788 Mal-Mir-1788 Mun-Mir-1788 Pbv-Mir-1788 Pma-Mir-1788 Spt-Mir-1788 Tgu-Mir-1788 Tni-Mir-1788 Xla-Mir-1788-P1 Xla-Mir-1788-P2 Xtr-Mir-1788 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01085147.1: 745-807 [+] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUCUGUAAGAGCUGCUCUCCCAGGUUCCUGGCUUGUUUCGAGUUGCCUGCGUUUGUUUGUUUUUGGGGACACAGGCAGCUAAAGCAAGCCUGGAAACUGCGAGGAAACGGCGCCAGAGGAAUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCUGUAAGAGCUGCU--| C G U CG C UUUGUUUG CUC CAG UUCC GGCUUGUUU AGUUGCCUG G U GAG GUC AAGG CCGAACGAA UCGACGGAC C U UAAGGAGACCGCGGCAAAG^ C A U A- A AGGGGUUU 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sto-Mir-1788_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCUUGUUUCGAGUUGCCUGCG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sto-Mir-1788_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAGGCAGCUAAAGCAAGCCUG -63
Get sequence
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