| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGCAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pbv-mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1788 Ami-Mir-1788 Cli-Mir-1788 Cmi-Mir-1788 Cpi-Mir-1788 Dre-Mir-1788 Ebu-Mir-1788 Gga-Mir-1788 Gja-Mir-1788 Gmo-Mir-1788 Lch-Mir-1788 Loc-Mir-1788 Mal-Mir-1788 Mun-Mir-1788 Pma-Mir-1788 Spt-Mir-1788 Sto-Mir-1788 Tgu-Mir-1788 Tni-Mir-1788 Xla-Mir-1788-P1 Xla-Mir-1788-P2 Xtr-Mir-1788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE952971.1: 1064609-1064667 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1788) |
Mir-1788
KE952971.1: 1064609-1064667 [-]
Mir-375 KE952971.1: 1095250-1095307 [-] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGCUCUGUACCAUAUACCUACUUGUGCUGGGCUUGUUUUCAGUUGCCUGCGGCUGGCUAAUAUGACUCAGGCAGCUAAAGCAAGUCUGGGGCAUGAAAGGUGAACCGGCAGAAACGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCUGUACCAUAUA- ACU-| G UG C CGGCUGGC CCU UGU C GGCUUGUUUU AGUUGCCUG U GGA ACG G CUGAACGAAA UCGACGGAC A AAGCAAAGACGGCCAAGU AAGU^ G GU - UCAGUAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pbv-Mir-1788_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0039085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCUUGUUUUCAGUUGCCUGCG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pbv-Mir-1788_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0039086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGGCAGCUAAAGCAAGUCUG -59
Get sequence
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