MirGeneDB ID | Tni-Mir-192-P4b-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-192-P4b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-192-P4 Bta-Mir-192-P4 Cfa-Mir-192-P4 Cja-Mir-192-P4 Cpi-Mir-192-P4 Cpo-Mir-192-P4 Dno-Mir-192-P4 Dre-Mir-192-P4b Eca-Mir-192-P4 Ete-Mir-192-P4 Gja-Mir-192-P4 Gmo-Mir-192-P4b Hsa-Mir-192-P4 Loc-Mir-192-P4 Mal-Mir-192-P4b Mml-Mir-192-P4 Mmr-Mir-192-P4 Mmu-Mir-192-P4 Mun-Mir-192-P4 Neu-Mir-192-P4 Oan-Mir-192-P4 Ocu-Mir-192-P4 Pab-Mir-192-P4 Rno-Mir-192-P4 Sha-Mir-192-P4 Spt-Mir-192-P4 Xtr-Mir-192-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
7: 7655512-7655570 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P4b-v2) |
Mir-194-P4b
7: 7655331-7655389 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P4b-v1 7: 7655511-7655571 [+] UCSC Ensembl Mir-192-P4b-v2 7: 7655512-7655570 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGUCGCGGCCGUCCUGGGACACGAGGUGAUGACCUAUGAAUUGACAGCCAGUAACUGGAGCCUCUGCCUGUCAGUUCUGUAGGCCACUGCUGCGUCCGUCCCCCUUCUCUACCUGCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGUCGCGGCCGUCCUG---- A A-| AUGA - C GUAACU GGAC CG GGUG CCUAU GAAUUGACAG CA G CCUG GU UCAC GGAUG CUUGACUGUC GU G CUCGUCCAUCUCUUCCCCCUG C CG^ C--- U C CUCCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-192-P4b-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0002942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGACCUAUGAAUUGACAGCCA -21
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-192-P4b-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUGUCAGUUCUGUAGGCCACU -59
Get sequence
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