MirGeneDB ID | Tni-Mir-194-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-194-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P4 Ami-Mir-194-P4 Bta-Mir-194-P4 Cfa-Mir-194-P4 Cja-Mir-194-P4 Cpi-Mir-194-P4 Cpo-Mir-194-P4 Dno-Mir-194-P4 Dre-Mir-194-P4b Eca-Mir-194-P4 Ete-Mir-194-P4 Gja-Mir-194-P4 Gmo-Mir-194-P4b Hsa-Mir-194-P4 Lch-Mir-194-P4 Loc-Mir-194-P4 Mal-Mir-194-P4b Mml-Mir-194-P4 Mmr-Mir-194-P4 Mmu-Mir-194-P4 Mun-Mir-194-P4 Neu-Mir-194-P4 Oan-Mir-194-P4 Ocu-Mir-194-P4 Pab-Mir-194-P4 Pbv-Mir-194-P4 Rno-Mir-194-P4 Sha-Mir-194-P4 Spt-Mir-194-P4 Sto-Mir-194-P4 Xtr-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
7: 7655331-7655389 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P4b) |
Mir-194-P4b
7: 7655331-7655389 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P4b-v1 7: 7655511-7655571 [+] UCSC Ensembl Mir-192-P4b-v2 7: 7655512-7655570 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGGUUCUGAGCCUUCUGGUGCGCGCUGGAUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGCUGUAUGUGUGUUCCAGUGGAAGUGCUGUUACCUGCAGAGAUCCACCGGGCACAACGUGAACCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCGGUUCUGAGCCUUCU- CGCG-| GAU AC G GCUGU GGUG CUG GUAACAGCA UCCAU UGGAA A CCAC GAC CAUUGUCGU AGGUG ACCUU U UCCCAAGUGCAACACGGG CUAGA^ GUC GA - GUGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-194-P4b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0002944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-194-P4b_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCAGUGGAAGUGCUGUUACCUG -59
Get sequence
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