MirGeneDB ID | Ami-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-194-P4 Bta-Mir-194-P4 Cfa-Mir-194-P4 Cja-Mir-194-P4 Cpi-Mir-194-P4 Cpo-Mir-194-P4 Dno-Mir-194-P4 Dre-Mir-194-P4a Dre-Mir-194-P4b Eca-Mir-194-P4 Ete-Mir-194-P4 Gja-Mir-194-P4 Gmo-Mir-194-P4a Gmo-Mir-194-P4b Hsa-Mir-194-P4 Lch-Mir-194-P4 Loc-Mir-194-P4 Mal-Mir-194-P4a Mal-Mir-194-P4b Mml-Mir-194-P4 Mmr-Mir-194-P4 Mmu-Mir-194-P4 Mun-Mir-194-P4 Neu-Mir-194-P4 Oan-Mir-194-P4 Ocu-Mir-194-P4 Pab-Mir-194-P4 Pbv-Mir-194-P4 Rno-Mir-194-P4 Sha-Mir-194-P4 Spt-Mir-194-P4 Sto-Mir-194-P4 Tni-Mir-194-P4a Tni-Mir-194-P4b Xla-Mir-194-P4c Xla-Mir-194-P4d Xtr-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017714301.1: 24491-24548 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P4) |
Mir-192-P4
NW_017714301.1: 23381-23442 [-]
UCSC
Mir-194-P4 NW_017714301.1: 24491-24548 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUGGGGCCUCAGCGCUGGUGUCCAUCCGCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGGAGGGGUCCGUGGUCCCCGUGGGGCUGCUGUUAUUCUGGACGGGCACCGGGAGCGACGGACAGAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUGGGGCCUCAGCGCU--| A CU A U GGGGU GGUGUCC UCCG GUAACAGCA CUCCAUG GGGA \ CCACGGG AGGU UAUUGUCGU GGGGUGC CCCU C GGUAGACAGGCAGCGAGGG^ C CU C - GGUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-194-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGGA -23
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-194-P4_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCCGUGGGGCUGCUGUUAUUCU -58
Get sequence
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