| MirGeneDB ID | Aca-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-194-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-194-P4 Bta-Mir-194-P4 Cfa-Mir-194-P4 Cja-Mir-194-P4 Cpi-Mir-194-P4 Cpo-Mir-194-P4 Dno-Mir-194-P4 Dre-Mir-194-P4a Dre-Mir-194-P4b Eca-Mir-194-P4 Ete-Mir-194-P4 Gja-Mir-194-P4 Gmo-Mir-194-P4a Gmo-Mir-194-P4b Hsa-Mir-194-P4 Lch-Mir-194-P4 Loc-Mir-194-P4 Mal-Mir-194-P4a Mal-Mir-194-P4b Mml-Mir-194-P4 Mmr-Mir-194-P4 Mmu-Mir-194-P4 Mun-Mir-194-P4 Neu-Mir-194-P4 Oan-Mir-194-P4 Ocu-Mir-194-P4 Pab-Mir-194-P4 Pbv-Mir-194-P4 Rno-Mir-194-P4 Sha-Mir-194-P4 Spt-Mir-194-P4 Sto-Mir-194-P4 Tni-Mir-194-P4a Tni-Mir-194-P4b Xla-Mir-194-P4c Xla-Mir-194-P4d Xtr-Mir-194-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343545.1: 154421-154479 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P4) |
Mir-2188
GL343545.1: 105074-105134 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P4 GL343545.1: 154421-154479 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGCCACCGAUGUGUAUGGUUCCCAUCGGCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGCAGUCCGGCCGUUCCAGUGGAGCGGCUGUUAUAGUCGGUGGGGGCUGCAAAAGACCCCGGGAGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUGCCACCGAUGUGUAU--| AA G GCAGU GGUUCCCAUCGGCUGUAACAGC CUCCAU UGGAA C UCGGGGGUGGCUGAUAUUGUCG GAGGUG ACCUU C UAGAGGGCCCCAGAAAACG^ GC - GCCGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-194-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-194-P4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCAGUGGAGCGGCUGUUAUAGU -59
Get sequence
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